根据南京大学中国社会科学研究评价中心通知：经《中文社会科学引文索引》（CSSCI）指导委员会审定，《中国历史地理论丛》入选2008—2009年CSSCI来源期刊。这是本刊连续第三次入选CSSCI来源期刊。本次入选CSSCI历史学类期刊共26种，按总被引次数与2004—2006三年他引影响因子的加权值高低顺序排序，《中国历史地理论丛》位列第九位。

近年来，《 中国历史地理论丛》编辑部围绕提高办刊质量采取了一系列措施，尤其是在规范审稿程序、加大匿名审稿力度方面做了大量工作，实行了国际通行的双向匿名审稿制度，扩大了审稿专家的范围，取得了明显效果，刊物的学术水平有了大幅度的提高，在学术界的影响迅速提升。根据清华大学图书馆、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社和中国科学文献计量评价研究中心联合编辑的《中国学术期刊综合引证报告（2007版）》统计的数据，《中国历史地理论丛》影响因子、5年影响因子和总被引频次分别为0.275、0.282和263，在“文化与教育/文化/历史”类共66种期刊中分别位列第18、17、15位。